Ab dem Jahr 2000 ist bei der SGA so eine Art „Pendelverkehr“ zwischen Kreisliga A und Kreisliga B eingekehrt.
Zur Saison 2000/2001 sollte es dann endlich mit dem Aufstieg in die Bezirksliga klappen. Doch ein schlechter Start in die Saison brachte dieses Vorhaben leider bereits schnell zum scheitern. Dies führte auch zur Beendigung des Trainerengagements von Rudi Klawitter im Dezember 2000. Kurzfristig übernahm dann mit Wolfgang Heinzius ein Mann aus den eigenen Reihen das Traineramt für den Rest der Saison, welche dann mit einem 8. Platz abgeschlossen wurde.
Zur Saison 2001/2002 konnte mit Ansgar Dressel ein „alter Bekannter“ auf die Trainerbank zurückgeholt werden. Nach einem guten 6. Platz in dieser Saison war man für die zukünftigen Aufgaben auch frohen Mutes.
Doch dies erwies sich als kurzes Strohfeuer. Denn bereits in der darauffolgenden Spielzeit 2002/2003 musste die SGA erneut den bitteren Weg in die Kreisliga B antreten. Dies umso ärgerlicher, da die Mannschaft noch die Möglichkeit besaß über das Relegationsspiel diesen Abstieg zu verhindern. Doch in der Verlängerung wurde dieses Spiel mit 1:4 gegen den SV Weissenau verloren.
Der inzwischen neu gewählte 1. Vorsitzende Jochen Haas versuchte nun schwerpunktmäßig mit den eigenen Jugendspielern den Erfolg zurück zuholen. Dieses Unterfangen wurde dann zur Saison 2003/2004 mit dem neuen Trainer, Ralph Kullack, vorangetrieben. Doch schnell mussten alle Beteiligten erkennen, dass diese „Umstellung“ mit vielen jungen Spielern eine erfolgreiche Saison zu spielen, nicht sofort erreichbar war. So wurde diese Saison mit der schlechtesten, bisher da gewesen Platzierung abgeschlossen, mit dem 11. Platz in der Kreisliga B.
Zur der Spielzeit 2004/2005 konnte mit Hubert Arnold und Markus Keller ein arriviertes Trainergespann gewonnen werden. Vor allen Dingen das fußballerische Potenzial von Spielertrainer Hubert Arnold machte sich mehr als positiv bemerkbar. Nach einer etwas schwachen Vorrunde konnte die Mannschaft dank einer überragenden Rückrunde, mit einem packenden Finale, die Meisterschaft und den damit verbundenen Aufstieg in die Kreisliga A feiern. Dies ist umso bemerkenswerter, da das Team zur Winterpause noch mit 11 Punkten auf Tabellenführer Grünkraut gestartet war und dies am Ende wettgemacht hatte und Dank der besseren Tordifferenz auf Platz 1 kletterte.
Die darauffolgende Spielsaison 2005/2006 beendete das Team in der neuen Spielklasse, nach einer durchwachsenen Saison, mit einem guten 7. Tabellenplatz.
In die Saison 2006/2007 wurde dann mit Ambitionen auf die vorderen Tabellenränge angegangen. Doch wiederum eine etwas dürftige Vorrunde machte einen Strich aus diesem Vorhaben, so dass am Ende nur der etwas enttäuschende 8. Tabellenplatz heraus sprang.
Die Spielzeit 2007/2008 wurde mit einem neuen Trainer gestartet. Wolfgang Heinzius löste das Trainergespann Hubert Arnold/Markus Keller ab. Von Beginn an befand sich das Team jedoch leider immer in der Abstiegsregion. Trotz aller Bemühungen konnte die SGA dies während der Saison nicht korrigieren und am Ende stand erneut der „Absturz“ in die „Sicherheitsliga“ der Kreisliga B zu Buche.
Der sofortige Wiederaufstieg war das erklärte Ziel zur Saison 2008/2009. Doch zu wenig Konstanz im Spiel der jungen Mannschaft hatte zur Folge, dass am Ende nicht ein Aufstiegsrang, sondern der 4. Abschlussrang belegt wurde.
Auch für die Jubiläumssaison 2009/2010 hatte sich die SGA den Aufstieg auf ihre Fahnen geheftet. Doch wiederum fehlende Konstanz und die geringe Umsetzung der fußballerischen Voraussetzungen machte dieses Ziel zunichte. So musste sich die Mannschaft am Ende mit dem unliebsamen 3. Abschlussrang begnügen.
Für die SGA kann für die Zukunft das Ziel nur lauten, der Weg muss wieder nach oben gehen! Die Grundvoraussetzungen hat der Zweigverein Fußball mit einer, in den letzten Jahren kontinuierlich vorangetriebenen, guten Jugendarbeit hierfür geschaffen. Dank des hervorragenden Engagements von Jugendleiter Otto Ludwig und jedem einzelnen Jugendtrainer und Betreuer besitzt der Zweigverein Fußball seit einigen Jahren mit die größte Jugendabteilung innerhalb des Gesamtvereins SG 1900 Aulendorf e.V. So stehen derzeit bis auf einen Spieler nur Eigengewächse im Kader, davon sind über die Hälfte jünger als 23 Jahre. Es bleibt zu hoffen, dass der neue Trainer, Christan Heß, dies auch nützen kann und die SGA sportlich wieder rosigeren Zeiten entgegengeht.
2010/2011
In der Saison 2010/11 gelang der Aufstieg in die Kreisliga A I. Mit ihrem neuen Trainer Chris Hess holte sich die SGA souverän und überlegen die Meisterschaft. Am Saisonende hatte man 13 Punkte Vorsprung auf den TSB Ravensburg. Insgesamt war diese Saison eine sportlich sehr erfolgreiche denn nicht nur die SGA I wurde Meister, sondern auch die SGA II und die Frauen der SGA.
2011/12
Nach dem Aufstieg in die Kreisliga A musste sich die SGA zuerst wieder an die neue Spielklasse gewöhnen. Dies gelang der jungen Mannschaft mit ihrem Trainer Chris Hess relativ schnell und erfolgreich. Am Saisonende sprang ein respektabler guter Tabellenplatz 4 heraus. Bereits in dieser Saison zeigten die Jungs um ihren Toptorjäger Andreas Krenzler, dass in der Truppe ein großes Potential steckt. Die Mannschaft blieb zusammen und man wollte in der nächsten Saison noch erfolgreicher sein.
2012/2013
Das Vorhaben noch erfolgreicher zu sein wie in der Vorsaison gelang dem Team von Trainer Chris Hess am Ende der Saison 2012/13 dann auch eindrucksvoll. Am 09.06. 2013 bezwang die SGA zuhause den FV Bad Waldsee mit 3:0 und wurde mit 62 Punkten und einem Torverhältnis von 89:27 verdient Meister der Kreisliga A I. Somit stieg die SGA nach über 20 Jahren wieder in die Bezirksliga Bodensee auf. Somit kletterte die SGA in nur 3 Jahren aus der Kreisliga B bis in die Bezirksliga Bodensee. Unter der Führung des Trainers Chris Hess war dies in der langen Geschichte der SGA eine sehr beeindruckende Leistung.
2013/2014
Nun war man im Lager der SGA gespannt wie die junge Mannschaft sich in der Bezirksliga Bodensee zurecht finden wird. Mit der Euphorie der letzten erfolgreichen Jahre legte die SGA eine herausragende Vorrunde hin und war zwischenzeitlich Tabellenführer der Bezirksliga. Nach der Winterpause ließ die Euphorie und die Erfolge etwas nach. Am Saisonende belegte die SGA den 5. Platz in der Bezirksliga. Leider ging auch in dieser Saison die erfolgreiche Zusammenarbeit zwischen Chris Hess und der SGA zu Ende. Der damalige Spielleiter Markus Unmuth sprang als Interimstrainer für die letzten Spiele ein.
2014/2015
Die zweite Saison in der Bezirksliga startete die SGA mit einem neuen Trainer. Bernd Reich übernahm das Traineramt und es sollte am Ende auch eine erfolgreiche Saison werden. Tabellenplatz 4 sprang am Ende der Saison heraus. Leider wollte Bernd Reich aber nach nur einer Saison als Trainer nicht mehr weiter machen und man ging getrennte Wege nach Saisonende. Ausserdem haben zum Saisonende einige Spieler aufgehört oder wechselten den Verein (u.a. Andreas Krenzler zum SC Pfullendorf in die Oberliga) sodass es in der darauffolgenden Saison nur um den Klassenerhalt gehen konnte.
2015/2016
Mit Michael Fischer konnte ein neuer Trainer gefunden werden, der lange Jahre als Spieler und danach als Jugendtrainer bei der SGA tätig war und sich nun als Trainer der Aktiven beweisen konnte. Er musste in nur kurzer Zeit ein neues schlagkräftiges Team formen. Am Ende belegte die SGA den 12. Platz und konnte nach einer durchwachsenen Saison den Klassenerhalt feiern.
2016/2017
Mit Beginn der Saison 2016/2017 übernahm Wolfgang Steinbach das Traineramt von Michael Fischer bei der SGA. Auch in dieser Saison hieß das Ziel vom ersten Spieltag an Klassenerhalt. Zur Rückrunde wurden einige Spieler der SGA reaktiviert und Andreas Krenzler kehrte aus Pfullendorf zur SGA zurück. Am Ende wurde der Klassenerhalt im Nachsitzen geschafft. Durch einen Sieg im Relegationsspiel gegen den SV Amtzell konnte die Klasse noch einmal gehalten werden.
2017/2018
Mit Wolfgang Steinbach ging die SGA dann auch in die Saison 2017/18. Nach einem sehr schlechten Start in die Saison und einer Niederlagenserie trennte man sich von Wolfgang Steinbach. In der Winterpause übernahm Andreas Krenzler als Spielertrainer und Thomas Hampp als Co Trainer für den Rest der Saison. Sportlich musste die SGA nach dieser turbulenten Saison das Abenteuer Bezirksliga nach 5 Jahren leider wieder beenden. Als Tabellenletzter stieg man deutlich in die Kreisliga A ab.
2018/2019
Mit dem Trainer Team Andreas Krenzler, Thomas Hampp und Harald Moll startete die SGA dann in der Kreisliga A einen Neuaufbau. Lange Zeit sah es sehr gut aus und man war Tabellenführer und Herbstmeister zum Ende des Jahres 2018. Auch im Bezirkspokal stand man im Viertelfinale. Mit beginn des Jahres 2019 lief es dann allerdings in der Kreisliga A nicht mehr so gut und man belegte am Ende einen ordentlichen 5. Platz.
Dagegen gelang im Bezirkspokal der große Coup. Nach 51 Jahren Pause gewann die SG Aulendorf nach einem spannenden Finale gegen den TSV Eschach den Pokalwettbewerb des Bezirks. Mit diesem Sieg gelang der SG Aulendorf in der nunmehr 100-jährigen Geschichte ein historischer großer Erfolg.
2019/2020
In der Saison will die SGA erneut in der Kreisliga A vorne mitspielen und wieder eine gute Rolle spielen. Im Bezirkspokal war leider schon in der 2. Runde Endstation.